故事发生在人猿的全球革命和人类之间的残酷核战争十年后，凯撒必须保护人猿和人类两方的幸存者免受邪恶人类和人猿好战派系的威胁……
国际特种部队间谍吉姆，为了他的爱人而想要退出组织，但天不从人愿，就在他完成最后一项“任务”时，为了确保自身安全与公司利益，他必须要人间蒸发匿身他处，与心爱的人从此分开。 离开组织在欧洲流亡多年后，吉姆以为能够脱离危险，就此过着平静的生活；无奈人生并非他想像中单纯，在刚果被神秘人物追杀的他，被迫放下所有，展开逃亡。逃亡途中他辗转联系到昔日战友，并寻求他们的协助，却也因此发现追杀行动里暗藏着不为人知的祕密，而现在，唯有找出追杀他的幕后主使，才能给他一条生路。
在帕米尔，有一支信仰神秘力量的古老部族，其中正邪两派对峙多年。这一年，邪派头目（狄威 饰）将长老杀死夺权，长老在临死前告知自己的女奴斯娜（朱宝意 饰）继任者将从东方赶来……香港设计师祖（周润发 饰）与女友艾达（蓝洁瑛 饰）来尼泊尔旅游，祖在野外遇险，受伤后返港入院治疗。在医院，祖不时会看到斯娜的幻影。不久，斯娜亦来到香港，并赶到医院将祖的伤治好，而且赋予他特异功能。将斯娜收留在家中的祖瞒着艾达，渐渐与斯娜产生了感情。与此同时，邪派头目来到香港，意欲杀害祖和斯娜。斯娜为了完成前任主人的嘱托，暗示祖前往尼泊尔收服邪派，但先行一步的对手，早已逼近了他们的身边……
故事叙述在移送罪大恶极的罪犯们到韩国的过程中，遭遇前所未有的极端状况，船上的人们必须设法活到最后！
