所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
人妖共存又相争的世界，修炼术法、以斩妖除魔为己任的人们被称为妖师。国御妖师队长祁晓轩因一次意外结识了浪子虎子，二人共同踏上除魔卫道的旅途。现如今，世间已历经五百年的平静，妖魔们早已蠢蠢欲动，为他们的前路蒙上阴霾……
