故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
小时候看过夏依妮·莎莉温的魔法表演后，梦想成为魔女的阿科，进入了与莎莉温相同的传统魔女育成名门校“露娜诺娃魔法学校”。 新的城镇，新的学校生活，以及新遇到的朋友。魔女学校中的扫帚飞行课程以及充满魔法气息的不可思议的授课等等，在这些只有魔女学校中才有的课程当中，阿科与萝特、苏西等人引发了大骚动！ 将露娜诺娃卷入其中，阿科成为魔女的第一步就此开始——
