1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远

大虾（刘青云 饰）替名震江湖的老大唐俊（郑伊健 饰）办事，帮他杀死了叛徒黑牛，很受俊的赏识。大虾一怒之下杀了奸夫，俊为他多方奔走才使他脱罪，自此两人成了莫逆。岂料俊遭到他的亲大哥威陷害运毒，被警方通缉，无奈只好潜回大陆避难。俊的女友辣椒（邱淑贞 饰）前往找威报仇，失手被擒后惨遭摧残。 　　两年后，俊重回香港，俊发现大虾已经成为威身边的大红人，只是大虾还不知道当日陷害俊的就是威。俊万念俱灰，想就此退隐江湖。大虾在得悉威就是当日的幕后黑手时，发誓要帮俊报仇雪恨！

　　CID彭定安与吴发刚调查两宗手法一样的凶杀案，唯一的线索是在案发现场找到一樽TEQUELA酒和有唇膏印的酒杯，两名死者都是已婚男士。安与发相信两宗案件都和单身名仕会所有关，展开调查后结识了单身名仕会所负责人江敏和梁倩雯，调查无头绪下，第三宗同类命案又再发生，同时安与雯、发与敏发展成为情侣，可惜人算不如天算。

　　探员蒋浩华（甄子丹 饰）因办案手段凌厉大胆常受上峰批评，最近接到外派任务，赴菲律宾接回证人苏权，由于苏权一案牵涉蒋浩华杀妻仇人狄克（张耀扬 饰），蒋浩华严阵以待，但还是被狄克抢得先机。出师不利的蒋浩华决定孤身滞留菲律宾，与当地探员艾度合作查案。狄克是菲律宾颇有权势的卡先生之得力助手，近几年狄克借各种违法交易中饱私囊，逐渐开始挑战卡先生地位。蒋浩华依线索调查狄克与卡先生团伙，不料引起对方连串报复，菲律宾警员比利遇害，对狄克的追捕也以失败告终，菲律宾警方无奈将蒋浩华驱逐，几乎与此同时，狄克与卡先生的矛盾公开化，蒋浩华不顾菲律宾警方的通缉，要与取代卡先生的狄克做最后了结。