本剧是1987～1992年香港亚洲电视公司根据正史与民间野史编写的剧集，动员了亚洲电视台的大部份艺员参与拍摄。该剧不但在香港造成了收视热潮，也在香港以外的地区受到相当程度的欢迎。剧名《满清十三皇朝》，源自民国八年（1919年）由“燕北老人”所著《满清十三皇朝秘史》。二者描写的俱为努尔哈赤建立的后金国与清朝共十二位皇帝。（包含十一代，同治帝和光绪帝为堂兄弟）。燕北老人因为皇太极（清太宗）将国号由“金”改“清”，年号亦由天聪改为崇德，算两个皇朝。故称之为“满清十三皇朝”。
因银行信贷主管秦晖的醉驾案，刑侦总队副队长李文海受上级指示，到南江市负责调查，此过程中却发现证据的矛头直指刑侦队长郑大为。在兄弟情和真相的矛盾中，李文海选择继续调查。随着调查的深入，李文海发现郑大为与秦晖，及不久前天海集团自杀的张主管有秘密的关联。通过刘洵提供的线索，更是发现了天海集团的众多问题，并将之悉数上报。后上级逐渐查明，不论是郑大为还是天海集团的证据均不成立，李文海这才逐渐意识到自己陷入了一个圈套，他反过来利用齐剑阳安排在他身边的刘洵，最终揭开了齐剑阳为多年前死去的哥哥复仇的秘密。
2004年某矿区小镇面临动迁，一具被焚烧的女尸出现在警局门前，死状和10年前当地发生的一起恶性未结案件极为相似，即将退休老刑警褚志强和因工作过失被下调到矿区刑侦队的张韬成为同事，合力侦破案件，在小镇动迁的同时也揭开了过往留下的悲剧真相 。
武汉会战前夕，八路军排长李梓牧奉命返回上海，与上官静云会合，破坏日军名为“风影”的化学武器研制计划，任务代号“追风行动”。军统派出了凌霜和唐顺之领导的特别行动队，以破坏日军计划。由于军统指挥不力，特别行动队遭受重大损失。而李梓牧也因兵力不足，无法给予敌人沉重打击。为了胜利完成任务，李梓牧说服了凌霜和唐顺之，抛开政见的不同，联合进行作战。李梓牧等人与田中信一为首的侵略者，展开了一系列生死搏斗，唐顺之、上官静云等人在战斗中壮烈牺牲。最终，李梓牧和凌霜在浙东游击队和上海各界人士的帮助下，击毙了田中信一，摧毁了日军的“风影计划”。通过与李梓牧等共产党人的接触，凌霜认识到唯有共产党领导的全民族抗战，才是中国赢得这场战争胜利的希望，凌霜毅然选择加入了共产党的队伍，与李梓牧一起为抗击日寇继续战斗。
