東京奪還編、開戦。 謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
山合いの風がよく吹く町、縁ヶ森町─。 妖怪と人と神様が暮らすふしぎな日常の中で、それぞれの喜びや悩みを胸に日々を生きる、妖怪たちや人間たち。 猫として20歳まで生きて、猫又に新生したぶちお。 行方不明の父親を気にかけながらも、前向きに生きている人間のむつみ。 代々この町を守っているカラス天狗のジロー。 まったりほのぼのした田舎町の日常の中で起こる、ちょっとふしぎで優しい、 繋がりの物語──。