从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
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少女椿（松井良彦 配音）的母亲死于重病，没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子，于是，椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中，在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的，都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们，在这里，椿悲惨的遭到了他们的凌辱，沦为众人的奴隶，过着苦不堪言的生活。 马戏团里新来了一位能够将自己塞进狭窄玻璃瓶的侏儒魔术师，他的表演大受欢迎，很快就令快要倒闭的马戏团赚得盆满钵满，成为了老板眼中的聚宝盆。与此同时，椿和魔术师之间也产生了懵懂的感情，然而，就在两人决定双宿双飞之时，魔术师却遇见了意外一命呜呼。
