故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中，艾妮丝菲亚（千本木彩花 配音）是帕雷提亚王国的公主，在童年时代，她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法，艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。 但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说，这并不会使她感到苦恼，她建立了独特的魔法理论，专注于研究通过科学的手段达成魔法效果的方法。一次偶然中，艾妮丝菲亚邂逅了名叫尤菲莉亚（石见舞菜香 配音）的公爵千金，她被剥夺了王妃候补地位，正处于迷惘之中。就这样，艾妮丝菲亚接纳了尤菲莉亚，两人共同开始了对于魔法理论的研究。
“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。
在赌上学校存续的大学选拔队战役中胜利後，大洗女子学园战车道成员终於能好好享受和平悠闲的冬季。迎接三年级生毕业典礼的到来，包含学生会改选与新执行部门的动作，学校开始发生些微的变化。有一天，一场骚动来访少女们。为了下一波难题与困难，战车道成员们再次挺身而出迎接挑战。
