故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中,艾妮丝菲亚(千本木彩花 配音)是帕雷提亚王国的公主,在童年时代,她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法,艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。 但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说,这并不会使她感到苦恼,她建立了独特的魔法理论,专注于研究通过科学的手段达成魔法效果的方法。一次偶然中,艾妮丝菲亚邂逅了名叫尤菲莉亚(石见舞菜香 配音)的公爵千金,她被剥夺了王妃候补地位,正处于迷惘之中。就这样,艾妮丝菲亚接纳了尤菲莉亚,两人共同开始了对于魔法理论的研究。
“东京决战”一年后,布里塔尼亚少年鲁路修在11区(原日本国)过着平凡的学生生活。但是,鲁路修与弟弟罗洛的一次出行,遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后,尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 身为帝国王子的鲁路修,为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界,而使用GEASS,令人绝对服从的力量,带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他,却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败,被帝国皇帝抹去了记忆。 现在,恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量,更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患,鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。
在赌上学校存续的大学选拔队战役中胜利後,大洗女子学园战车道成员终於能好好享受和平悠闲的冬季。迎接三年级生毕业典礼的到来,包含学生会改选与新执行部门的动作,学校开始发生些微的变化。有一天,一场骚动来访少女们。为了下一波难题与困难,战车道成员们再次挺身而出迎接挑战。