魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
原不良少女虎视虎子为了掩饰自己曾经是不良，在高中保持着品行端正的形象。这天她出门看到一个长鹿角的女生挂在电线上，救了她之后没想到她就是转校生！还疯狂暴露虎视虎子的秘密！女孩子们的搞笑校园日常来了——
人妖共存又相争的世界，修炼术法、以斩妖除魔为己任的人们被称为妖师。国御妖师队长祁晓轩因一次意外结识了浪子虎子，二人共同踏上除魔卫道的旅途。现如今，世间已历经五百年的平静，妖魔们早已蠢蠢欲动，为他们的前路蒙上阴霾……
故事发生在一座名为阿斯特拉艾亚的山上，在那里，存在着三所女子学校，它们分别是圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院以及圣露莉姆女子学校，这三所学校共享着同一间宿舍——草莓宿舍。 苍井渚砂（中原麻衣 配音）是圣米雅特尔女子学园的新生，对于充满了未知的未来生活，渚砂的心中充满了憧憬与希冀。一次偶然中，她遇见了名为花园静马（生天目仁美 配音）的女子，霎时间，渚砂就被静马的美丽和高贵深深的吸引了，而静马亦对亲切可爱的渚砂产生了兴趣，一段充满了变数的感情就此在两个女孩之间展开，当渚砂和静马之间的距离日渐缩短之时，静马隐秘的过去也逐渐浮出了水面。
