在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
斋森美世虽出身异能者名门，却不像妹妹有珍稀的“见鬼之才”，从小遭父亲蔑视，并饱受继母和妹妹欺凌。斋森家为了政策联姻，将美世许配给异能者久堂清霞。此人虽才能卓越却性格冷酷，已被多任未婚妻解除婚约，美世初到久堂家时更只得到清霞冷淡对待，但善良的美世渐渐打动了漠然的婚约者。
