年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
立花萤（小松未可子 配音）是一位拥有着强烈正义感的少女。某日，她搬入了月城庄公寓，准备开始一个人的生活。让住在202室的萤没有想到的是，自己隔壁竟然住了一个名叫松岗正宗（前野智昭 配音）的牛郎，这个举止轻浮油腔滑调的男人没有给萤留下什么好印象。 矢岛鼎（堀江由衣 配音） 是萤唯一的朋友，某日，鼎告诉萤，自己被一个牛郎骗光了所有的积蓄，这让萤愤愤不平。萤冲到了牛郎店想要找到欺骗鼎的那个牛郎，为好友讨回公道，然而，令萤震惊的是，这个牛郎不是别人，正是自己的邻居松岗。而面对萤的挑衅，松岗竟然提出要用枪来一决胜负，就这样，萤被卷入了一个你争我斗的生存游戏之中。
