自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
电视动画《BAKUMATSU 恋爱幕末男友》改编自Furyu发行的女性向恋爱模拟游戏《恋爱幕末男友～在时空的彼方盛开之恋～（恋爱幕末カレシ～时の彼方で花咲く恋～）》。讲述了玩家们从现代穿越到幕末时代，并将与12位英俊帅气的幕末志士展开一场甜蜜的恋爱物语。
