故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
卑微家奴方寒从小抱着“宁做乞丐，不为人奴”的信念，凭借一己之力纵横天地之间。他靠着一股不服输的倔强突破神通的奥秘，将肉身锻成永生之躯。努力一步步踏入仙道，最终成为巅峰王者。
克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱，并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，安纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。
草间大作乘船返回日本途中，于海上遭到怪物袭击，全船沉没。草间大作与另一生还乘客岚十郎漂流至附近荒岛。他们发现岛上是由宇宙人哥罗丁大帝领导的世界犯罪集团－BF团的秘密基地。草间大作与岚十郎发现此基地正在完成一具拥有智能电脑的巨型机器人GR1－铁甲人。草间大作其后发现用于操控铁甲人的手表型传讯器，更意外地用自己的声音启动了铁甲人。从此草间大作便成了铁甲人的操纵者。之后草间大作加入了岚十郎所属的麒麟情报局（Unicorn）。对抗BF团征服世界的野心。
