《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
少女椿（松井良彦 配音）的母亲死于重病，没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子，于是，椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中，在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的，都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们，在这里，椿悲惨的遭到了他们的凌辱，沦为众人的奴隶，过着苦不堪言的生活。 马戏团里新来了一位能够将自己塞进狭窄玻璃瓶的侏儒魔术师，他的表演大受欢迎，很快就令快要倒闭的马戏团赚得盆满钵满，成为了老板眼中的聚宝盆。与此同时，椿和魔术师之间也产生了懵懂的感情，然而，就在两人决定双宿双飞之时，魔术师却遇见了意外一命呜呼。
