故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
故事发生在一座名为阿斯特拉艾亚的山上，在那里，存在着三所女子学校，它们分别是圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院以及圣露莉姆女子学校，这三所学校共享着同一间宿舍——草莓宿舍。 苍井渚砂（中原麻衣 配音）是圣米雅特尔女子学园的新生，对于充满了未知的未来生活，渚砂的心中充满了憧憬与希冀。一次偶然中，她遇见了名为花园静马（生天目仁美 配音）的女子，霎时间，渚砂就被静马的美丽和高贵深深的吸引了，而静马亦对亲切可爱的渚砂产生了兴趣，一段充满了变数的感情就此在两个女孩之间展开，当渚砂和静马之间的距离日渐缩短之时，静马隐秘的过去也逐渐浮出了水面。
