ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
武道初兴之时，恐怖的异兽入侵，人类武者节节败退。陆圣穿越而来，在梦中进入一万年后的世界：一万年后的基础炼体术，经过改版，效果是现在的几千倍！一万年后的呼吸法、炼体药方、武学圣典…… 让陆圣成为人类唯一的火种！
