ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
故事发生在一个人族、魔族和神族和平共处的世界之中。土见禀（杉田智和 配音）是一个非常平凡的男孩，自幼失去了父母的他和青梅竹马的好友枫（后藤邑子 配音）生活在同一屋檐下，虽然禀只将枫当成是妹妹一样疼爱，课时枫对于禀的感情早已经超越的了友情。 一天，神王和魔王带着他们的女儿们降临在了人间，在机缘巧合之下，两个女孩邂逅了禀。她们一个是性格活泼开朗人见人爱的西亚（青木静香 配音），一个是知书达理文静内敛的奈莉奈（永见遥 配音），禀必须在她们两人之间选择一人作为未婚妻，面对两个娇俏可人的女孩，禀会做出怎样的选择呢？
